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Même si l'on connaissait depuis fort longtemps les faiblesses de la cryptographie par substitution, il n'y eut pas entre César et le XVI è s. de véritable nouveau procédé cryptographique, à la fois sûr (pour les moyens de l'époque) et facile à utiliser! Blaise de Vigenère, né en 1523, fut l'initiateur d'une nouvelle façon de chiffrer les messages qui domina 3 siècles durant. Vigenère était quelqu'un de très hétéroclite, tantôt alchimiste, écrivain, historien, il était aussi diplomate au service des ducs de Nevers et des rois de France. C'est en 1586 qu'il publie son Traicté des chiffres ou Secrètes manières d'écrire, qui explique son nouveau chiffre (le texte intégral est disponible sur le site de la Bibliothèque Nationale de France). L'idée de Vigenère est d'utiliser un chiffre de César, mais où le décalage utilisé change de lettres en lettres. Pour cela, on utilise une table composée de 26 alphabets, écrits dans l'ordre, mais décalés de ligne en ligne d'un caractère. On écrit encore en haut un alphabet complet, pour la clé, et à gauche, verticalement, un dernier alphabet, pour le texte à coder : Pour coder un message, on choisit une clé qui sera un mot de longueur arbitraire. On écrit ensuite cette clé sous le message à coder, en la répétant aussi souvent que nécessaire pour que sous chaque lettre du message à coder, on trouve une lettre de la clé. Pour coder, on regarde dans le tableau l'intersection de la ligne de la lettre à coder avec la colonne de la lettre de la clé. Exemple : On veut coder le texte "CRYPTOGRAPHIE DE VIGENERE" avec la clé "MATHWEB". On commence par écrire la clef sous le texte à coder :
 On trouve O. Puis on continue. On trouve : ORRWPSHDAIOEI EQ VBNARFDE. Cet algorithme de cryptographie comporte beaucoup de points forts. Il est très facile d'utilisation, et le décryptage est tout aussi facile si on connait la clé. Il suffit, sur la colonne de la lettre de la clé, de rechercher la lettre du message codé. A l'extrémité gauche de la ligne, on trouve la lettre du texte clair. Vous pouvez vous entrainer avec le message codé TYQFLJ, qu'on a codé avec la clé EKETHR. En outre, l'exemple précédent fait bien apparaitre la grande caractéristique du code de Vigenère : la lettre E a été codée en I, en A, en Q, et en E. Impossible par une analyse statistique simple de retrouver où sont les E. Dernière chose, on peut produire une infinité de clés, il est très facile de convenir avec quelqu'un d'une clé donnée. Et encore, dans la cryptographie expliquée...
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